One Tree Island usytuowana jest w południowo-wschodniej części rafy. Jej powierzchnia jest podawana różnie: około 4 ha (na stronie University of Sydney), między 3 a 4 ha (według pierwszego przekrojowego artykułu o wyspie, szczególnie jej ornitofaunie, z 1979) oraz około 5,55 ha (według artykułu z 1984, na który powołano się jednak w rządowej publikacji z 2012). Jej kształt przyrównano do szerokiego bumerangu. Leży po nawietrznej stronie rafy, odwrotnie niż okoliczne wyspy koralowe. Mierzy blisko 250 m w najdłuższym miejscu i 150 m w najszerszym. Najwyższy punkt położony jest 2 m n.p.m., przyjmując za punkt odniesienia poziom w trakcie przypływu.
Flora i fauna Według stanu wiedzy z 1984, z 5,55 ha blisko 3,81 ha (68,9%) pokrywała roślinność. Większość wyspy porastają niskie krzewy Wedelia biflora. Na obrzeżach rozrzucone jest kilka skupisk drzew Pisonia grandis i Heliotropium argeteum. Blisko środka wyspy rosną skupione pandany (Pandanus). Płytki basen pływowy otaczają niskie sukulenty Sesuvium portulacastrum. W raporcie z 2012 wymieniono 28 gatunków roślin stwierdzonych na One Tree Island (od pospolitych po bardzo rzadkie), z czego 8 to obce gatunki. Z formacji roślinnych największą powierzchnię zajmuje ta złożona z W.