Po opublikowaniu artykułu na ten temat we „Wprost” (2004 r.) Agencja Wywiadu złożyła doniesienie do prokuratury, zaś prokuratura wszczęła śledztwo przeciwko dziennikarzowi śledczemu Jarosławowi Jakimczykowi o ujawnienie tajemnicy państwowej. Chodziło zarówno o ujawnienie nazwiska oficera wywiadu, jak i o ujawnienie metod operacyjnych służb specjalnych. Sam dziennikarz stwierdził: „Moim zdaniem to doniesienie jest odwetem za to, że ujawniliśmy firmę będącą przykrywką służb specjalnych i zajmującą się handlem bronią”. Zarówno media prawicowe („Gazeta Polska”), jak i lewicowe (tygodnik „NIE”) pisały, że NAT uchodzi za jedną z firm założonych przez wywiadKania, Targalski, Marosz s. 726.

Według byłych funkcjonariuszy UOP, firma NAT uczestniczyła także w operacji, która miała polegać na kontrolowanej sprzedaży broni terrorystom z Irlandii Północnej. W operacji tej kluczową rolę odegrał Aleksander Makowski. Przedstawiciele polskich służb specjalnych poinformowali Brytyjczyków (MI5), że nawiązali kontakt z grupą Irlandczyków zainteresowanych zakupem broni. Następnie w 1993 r. broń, pochodzącą z MSW (z magazynów UOP), m.in. 300 karabinków automatycznych AK i dwie tony materiałów wybuchowych, załadowano na statek „Inowrocław” płynący do Anglii;