28 listopada 2005 Prezydent RP Aleksander Kwaśniewski wszczął na wniosek Sobotki procedurę jego ułaskawienia. 16 grudnia 2005 Prezydent zastosował wobec niego prawo łaski, zmniejszając wyrok do roku pozbawienia wolności z warunkowym zawieszeniem wykonania na 2 lata. Procedura ułaskawieniowa wzbudziła liczne kontrowersje z uwagi na znajomość Aleksandra Kwaśniewskiego ze Zbigniewem Sobotką oraz na przeprowadzenie jej w ostatnich tygodniach urzędowania Kwaśniewskiego. W marcu 2006 Henryk Długosz i Andrzej Jagiełło zgłosili się do odbycia kary.

Ponadto w powiązaniu z aferą starachowicką toczy się proces generała policji Antoniego Kowalczyka, oskarżonego o złożenie fałszywych zeznań, iż nie przekazywał informacji Sobotce. 13 marca 2006 został uniewinniony w I instancji nieprawomocnym wyrokiem Sądu Rejonowego w Kielcach. Sąd oparł rozstrzygnięcie na ustaleniu, że Kowalczyk przekazał informacje Sobotce, naruszając tajemnicę państwową, ale następnie nie miał obowiązku zeznawania przeciwko samemu sobie. Apelację od wyroku Sądu Rejonowego wniósł prokurator. Sąd Okręgowy w Kielcach w toku jej rozpoznawania powziął wątpliwości i zwrócił się do Sądu Najwyższego o rozstrzygnięcie zagadnienia prawnego.