Od sierpnia 1939 do października 1940 podlegał mobilizacji.

Dołączył następnie do Maurice’a Sabatiera (swojego byłego przełożonego), wysokiego urzędnika w ministerstwie spraw wewnętrznych rządu Vichy. W latach 1942–1944 był sekretarzem generalnym prefektury w Żyrondzie z siedzibą w Bordeaux. Bezpośrednio nadzorował sektory strategiczne dotyczące m.in. spraw paliw, ruchu drogowego i rekwizycji, a także wydział spraw żydowskich. Zajmował się przejmowaniem mienia należącego do Żydów. Był aktywnym niemieckim kolaborantem, wykonywał polecenia związane z deportacjami do obozu internowania w Drancy. Od lipca 1942 do sierpnia 1944 z Bordeaux do Drancy zorganizowano 12 konwojów, którymi wywieziono około 1600 Żydów.

W obliczu porażek nazistów Maurice Papon zaczął nawiązywać kontakty z francuskim ruchem oporu, podjął współpracę z Gastonem Cusinem, działającym w podziemiu przedstawicielem Charles’a de Gaulle’a. Ostatecznie po wyzwoleniu uniknął osądzenia przez Comité départemental de libération. Przedstawił certyfikat mający potwierdzać jego zaangażowanie w działalność ruchu oporu, którego autentyczność była podważana. Zyskał wsparcie w środowisku socjalistycznej partii SFIO.