Obecnie (2025) Międzynarodowy Komitet Ornitologiczny podtrzymuje tę nazwę. Uznaje kaczkę madagaskarską za gatunek monotypowy, podobnie jak wiele innych autorytetów. Sporna była jednak pozycja gatunku w obrębie rodzaju Anas. Długo uznawano kaczki madagaskarskie za stosunkowo nową formę, która oddzieliła się od krzyżówek i zasiedliła Madagaskar. Przekonania te miały potwierdzać doniesienia o krzyżowaniu się samic z samcami innych gatunków, o barwniejszym upierzeniu (które wbrew nim w naturze nie zachodzi, ponadto część obserwacji z niewoli dotyczy ptaków utrzymywanych w nietypowych warunkach). Z tego powodu nie przykładano właściwej uwagi do ochrony tego taksonu, który w latach 90. XX wieku uchodził jeszcze za niezagrożony. Był słabo poznany, nielicznie reprezentowany zarówno w muzeach – w 1991 w Muzeum Historii Naturalnej w Londynie przechowywano 13 okazów – jak i w hodowli.
W nazwie naukowej kaczki madagaskarskiej upamiętniony został jej odkrywca – (1836–1869), brytyjski botanik. Podczas podróży do Afryki towarzyszył mu David Livingstone. W 1862 Meller pozyskał pierwsze dwa okazy, które początkowo rozpoznał jako rożeńce czerwonodziobe (Dafila erythrorhyncha=Anas erythrorhyncha).