Znany był z programu reformy sądów kościelnych. W związku tym w 1694 papież Innocenty XII włączył go do Trybunału Sygnatury Apostolskiej, czyniąc przy tym wyjątek, gdyż nominacje do Sygnatury odbywały się wówczas ze względu na starszeństwo, nie zasługi, oraz mianował kanonikiem bazyliki watykańskiej. Filippucci jednak odmówił przyjęcia obu stanowisk. Rok później Innocenty XII ponownie zaproponował mu stanowisko w Sygnaturze Apostolskiej oraz kanonię laterańską. 23 grudnia 1695 Filippucci przyjął nominacje pod warunkiem, że nie będą one wiązały się z żadnymi beneficjami.

Filippucci mając opinię dobrego i uczciwego prawnika cieszył się zaufaniem Innocentego XII i często był proszony przez papieża o udzielanie mu rad. Otrzymał również urzędy audytora i konsultora Penitencjarii Apostolskiej. Filippucci zajmował się badaniem procesów sądowych, głównie karne, często uzyskując uchylenie wyroków, w tym wyroków śmierci. Innocenty XII chciał go również mianować kardynałem, jednak nie zdążył przed swoją śmiercią.