Szybko powstały oddziały milicji, do których przyłączyli się niektórzy mieszkańcy Wysp Zielonego Przylądka. Ponadto plantatorzy zmobilizowali robotników z Angoli i Mozambiku. W ciągu następnych kilku dni oddziały milicji i rząd kolonialny aresztowały wielu mieszkańców. Umieszczano ich w więzieniu w twierdzy São Sebastião, deportowano na Wyspę Książęcą, a na molo we wsi Fernão Dias utworzono obóz, w którym stosowano wobec więźniów przemoc, zmuszano ich do ciężkiej, często bezsensownej pracy, dlatego niektórzy badacze porównują go do obozu koncentracyjnego. Władze poddawały więźniów torturom przy użyciu prądu, a dziesiątki więźniów zmarło w wyniku tortur, bicia i pracy przymusowej. Wiele ciał zostało wrzuconych do morza. Nie udało się określić, ile osób zginęło. W zachowanych na Wyspach dokumentach odnotowano 1032 zgony, a źródła portugalskie mówią o stu do dwustu ofiarach. Oskarżonych w procesach bronił portugalski prawnik Manuel João Palma Carlos, który przyjechał na Wyspę miesiąc po masakrze. Zachęcał też do składania skarg do rządu w Lizbonie.