W planie gospodarowania wodami na obszarze dorzecza Wisły z 2011 Czarna wraz z dopływami stanowi do naturalną jednolitą część wód powierzchniowych PLRW20001725869 (Czarna) o typie 17 (potok piaszczysty)Plan gospodarowania wodami na obszarze dorzecza Wisły . Na potrzeby monitoringu jakości jej wód wyznaczono punkt pomiarowo-kontrolny Czarna (Zielona) – Żabieniec. W 2010 stwierdzono w nim trzecią klasę makrofitowego indeksu rzecznego i przekroczenie norm dobrego stanu ogólnego węgla organicznego i azotu Kjeldahla, przy pozostałych wartościach elementów fizykochemicznych w klasie pierwszej lub drugiej. Skutkiem tego stan ekologiczny wód sklasyfikowano jako umiarkowany. W 2016 i 2019 przekroczenie norm drugiej klasy elementów fizykochemicznych stwierdzono jedynie dla fosforu. Wtedy także trzecią klasę wykazał wskaźnik zoobentosu. W 2019 makrofity ponownie uzyskały klasę trzecią, natomiast fitobentos pierwszą. W tym roku stan ichtiofauny sklasyfikowano w piątej klasie, przez co stan ekologiczny sklasyfikowano jako zły. W 2016 zbadano również niektóre substancje priorytetowe i spośród nich żadna nie przekroczyła norm dobrego stanu chemicznego.