W latach 1929–1932 wykładał w Centrum Wyszkolenia Artylerii oraz na kursie unifikacyjnym w Centrum Wyszkolenia Piechoty w Rembertowie. W roku 1934 został mianowany majorem artylerii (ze starszeństwem z dnia 1 stycznia 1934 roku). Wrócił do służby liniowej w roku 1935 i objął funkcję zastępcy dowódcy 11 dywizjonu artylerii konnej w Bydgoszczy. Następnie, w styczniu 1939, objął dowództwo II dywizjonu 19 pułku artylerii lekkiej w Mołodecznie.
Jan Świerczyński wziął udział w kampanii wrześniowej 1939 roku. Został przydzielony do 86 pułku piechoty i walczył w rejonie Tomaszowa Mazowieckiego i Piotrkowa Trybunalskiego. W odwrocie za Pilicę, dnia 9 września został ranny. Po kapitulacji ukrywał się w Lublinie, a następnie w Wilnie. W czerwcu 1940 został aresztowany na Łotwie i wywieziony do obozu pracy w Kraju Krasnojarskim. Po zwolnieniu, w listopadzie 1941 roku, wstąpił do Armii Polskiej i objął dowództwo dywizjonu 5 pułku artylerii lekkiej. Dnia 11 grudnia tego roku został awansowany do stopnia podpułkownika i objął dowództwo 7 pułku artylerii lekkiej. Jan Świerczyński na czele pułku wziął udział w maju 1944 roku w bitwie o Monte Cassino. Uczestniczył także w działaniach nad Adriatykiem a następnie w walkach o Ankonę. Od sierpnia do września 1944 roku walczył na Linii Gotów i od października do listopada w Apeninach.