thumb|250px|left|Jan Kopecký za kierownicą Škody Fabii WRC podczas Rajdu Wielkiej Brytanii 2007. W roku 2006 rozpoczął starty w barwach prywatnego zespołu Czech Rally Team Škoda-Kopecký, w którym startował mimo braku pełnego wsparcia ze strony producenta. Udało mu się ukończyć 9 z 10 imprez, w których brał udział, w tym trzy z nich na punktowanej pozycji – był piąty w Katalonii, siódmy w Niemczech i ósmy w Finlandii. Starty w rodzinnym zespole kontynuował także w sezonie 2007, w którym to największym sukces odniósł w Niemczech, kończąc rajd na 5 pozycji. Mimo niekonkurencyjnego samochodu i trudności z kompletowaniem budżetu, udało mu się wziąć udział w aż 11 z 16 rajdów rozgrywanych w całym roku. Nie dotarł do mety trzech z nich, za to udało mu się zdobyć punkty w czterech rajdach, dzięki czemu sezon ukończył na 12 miejscu z dorobkiem 10 punktów w klasyfikacji indywidualnej kierowców.
Jan Kopecký nie planował dalszych startów samochodem klasy WRC z powodu braku konkurencyjnego samochodu skonstruowanego przez czeskiego producenta.