Trio obronne, które Gradit tworzy wraz z Kevinem Danso i Facundo Mediną, uznane za dobrze się uzupełniające, przyczynia się w sezonie 2022-2023 do tego, że RC Lens jest drużyną, która traci najmniej bramek w lidze.
Na początku sezonu 2023-2024 jest jednym z liderów drużyny z Lens i tworzy „radę mędrców” wraz z kapitanem Brice'em Sambą oraz kolegami z drużyny Florianem Sotocą i Kevinem Danso. We wrześniu Jonathan Gradit debiutuje w europejskich pucharach, a w Lidze Mistrzów, podczas wyjazdowego meczu RC Lens z Sevillą FC (1-1). Jest najlepszym zawodnikiem Lens na boisku, wygrywając 12 z 14 pojedynków. 12 listopada 2023 roku strzelił swoją drugą bramkę w barwach RC Lens, umożliwiając swojej drużynie zwycięstwo nad Olympique de Marseille (1:0) w Ligue 1.
W sezonie 2024-2025 Gradit grał pod okiem nowego trenera, Willa Stilla. Regularnie wystawiany w pierwszych meczach sezonu, Gradit stopniowo tracił status podstawowego gracza w trójce obrońców, w której na pierwszy plan wysunął się Abdukodir Khusanov, a w sierpniu nie doszło jednak do odejścia Kevina Danso. Pod koniec listopada Still postanowił zmienić system obrony, przechodząc z linii trzech na czterech obrońców. Od tego momentu Gradit nie grał przez kilka meczów.