Kościół zachował średniowieczną orientację, miał też dwuspadowy dach z dzwonnicą typu bell-cot.thumb|left|240px|Obraz Matteo Pereza d’Aleccio (dziś w National Maritime Museum w Greenwich) przedstawiający atak Turków na fort Saint Michael (w centrum). Kościół św. Juliana widoczny pomiędzy rzędem budynków a mostem z Senglei do Birgu. Kościół z dwuspadowym dachem jest w rzeczywistości przedstawiony na freskach Matteo Perez d’Aleccio ukazujących wydarzenia oblężenia Malty w 1565. Wkrótce po wielkim oblężeniu populacja Senglei gwałtownie wzrosła, ale mieszkańcy musieli chodzić do Birgu, aby zaspokoić swoje duchowe potrzeby. 19 lutego 1575 papieski wizytator biskup Pietro Dusina wizytował kościół; przy tej okazji mieszkańcy Senglei zwrócili się do niego z prośbą, aby przydzielił księdza do kościoła św. Juliana. Prośba została spełniona. Kościół św. Juliana został w ten sposób ogłoszony kościołem wiceparafialnym parafii Birgu, a ks. Erazm Balzan był pierwszym wiceproboszczem w kościele św. Juliana. Był to pierwszy przypadek przydzielenia funkcji kościoła wiceparafialnego w diecezji maltańskiej. W 1577 w kościele założone zostało Bractwo Najświętszego Sakramentu. W 1580 rozpoczęto budowę znacznie większego kościoła Narodzenia Najświętszej Marii Panny, który w 1581 stał się kościołem parafialnym Senglei.