Meghann Shaughnessy odnosi także znaczące sukcesy w grze podwójnej. Do końca 2005 wygrała dwanaście turniejów zawodowych, w dalszych dziewięciu osiągając finały. Pierwszy turniej wygrała w 2000 w Québecu w parze z Australijką Nicole Pratt. Najlepszy sezon w karierze deblowej zaliczyła w 2004, kiedy razem z Rosjanką Nadieżdą Pietrową wygrała siedem turniejów, w tym Miami, Berlin, Rzym i podsumowujący sezon Masters. W marcu 2005 została sklasyfikowana na pozycji nr 4 w rankingu światowym deblistek. W grze mieszanej była półfinalistką Australian Open 2001 i US Open 2006 (z Justinem Gimelstobem oddała mecz walkowerem parze Martina Navrátilová-Bob Bryan) oraz finalistką US Open 2007 (z Leanderem Paesem).
W latach 2002–2003 występowała w zespole narodowym w Pucharze Federacji. Przyczyniła się do awansu do finału tych rozgrywek w 2003, ale w meczu finałowym uległa obu reprezentantkom Francji – Mary Pierce i Amélie Mauresmo. Nigdy nie wystąpiła na Igrzyskach Olimpijskich.
Stosunkowo często Shaughnessy rezygnowała z występów turniejowych z powodu kontuzji. Kontuzje ograniczały jej starty m.in.