W dwa lata później ukazał się ostatni na mocy kontraktu z Roadrunner Records kompilacyjny album The Best of Deicide. Wkrótce potem grupa podpisała kontrakt płytowy z brytyjską wytwórnią muzyczną Earache Records na mocy którego ukazał się . Było to również ostatnie wydawnictwo z braćmi Hoffman w składzie, którzy w wyniku nieporozumień z pozostałymi członkami grupy odeszli z niej 25 listopada 2004 roku.
Jeszcze tego samego roku do zespołu dołączyli znany z występów w grupie Vital Remains instrumentalista Dave Suzuki oraz znany z Cannibal Corpse gitarzysta Jack Owen. Niedługo potem z grupy odszedł Suzuki którego zastąpił Ralph Santolla występujący poprzednio m.in. w grupie Iced Earth.
W 2006 roku już w nowym składzie grupa nagrała kolejny album zatytułowany The Stench of Redemption wydany 22 sierpnia 2006 roku ponownie nakładem Earache Records. W 2007 roku zespół opuścił Ralph Santolla. W ramach kontraktu muzyk uczestniczył sesyjnie w nagraniach wydanego w 2008 roku albumu Till Death Do Us Part. Nagrania zostały zarejestrowane w Morrisound Studio na Florydzie. W styczniu 2009 roku zespół podpisał kontrakt z wytwórnią muzyczną Century Media Records. Również styczniu zespół odbył europejską trasę koncertową Winterfest wraz z grupami Samael, Vader, Devian, Order Of Ennead oraz The Amenta.