Na początku 2005 r. cieniem na administracji Foksa odbiły się zamieszki w więzieniach. 31 grudnia 2004 r. został zamordowany w ściśle strzeżonym zakładzie karnym La Palma brat zbiegłego z więzienia w 2001 roku szefa gangu narkotykowego – Joaquína "El Chapo" Guzmána. W styczniu 2005 r. więzienie La Palma, w którym przebywają najgroźniejsi przestępcy zostało otoczone a następnie spacyfikowane przez kilkuset policjantów i żołnierzy, gdy okazało się, że więźniowie przejęli nad nim kontrolę. Porządek w więzieniu przywrócono pomimo obecności blisko tysięcznego tłumu demonstrujących pod bramą członków rodzin i przyjaciół uwięzionych handlarzy. Jednakże pomimo kilkukrotnego wzrostu w czasie prezydentury Foksa liczby aresztowanych handlarzy narkotykami, do dziś nierozwiązane pozostają główne problemy Meksyku – faktyczna bezkarność większości mafijnych bossów oraz częste korumpowanie funkcjonariuszy więziennych i przedstawicieli administracji różnego szczebla przez narkotykowe kartele.
Po kontrowersyjnych wyborach z 2 lipca 2006 r. Vicente Fox został zastąpiony na stanowisku prezydenta przez Felipe Calderóna, który również wywodzi się z PAN. W 2013 został usunięty z partii, za poparcie Enrique Peña Nieto – kandydata na prezydenta z Partii Rewolucyjno-Instytucjonalnej.