Podstawową różnicą jest to, że w niemieckim prawodawstwie pomnik przyrody nie może być większy niż 5 ha, natomiast za narodowy pomnik przyrody można uznać jakikolwiek pojedynczy twór przyrody, bez względu na rozmiarBundestagsdrucksache 16/13430. S. 22. Drugą zasadniczą różnicą jest to, że narodowy pomnik przyrody musi mieć więcej niż jedną wyróżniającą cechę. Po trzecie narodowy pomnik przyrody jest formą ochronną na poziomie federalnym, i charakteryzuje się podobnym prestiżem jak parki narodowe. W przeciwieństwie do nich, do powołania narodowego pomniku przyrody wymagana jest zgoda federalnego ministra odpowiedzialnego za ochronę przyrody.
Celem powołania nowej formy było rozpoznanie ochrony na poziomie federalnym wyjątkowych miejsc przyrodniczych o małym obszarze, które z różnych przyczyn (przede wszystkim rozmiaru) nie mogły dotąd osiągnąć takiego statusu.