Jakość wód Według danych z lat 2016–2019 stan lub potencjał ekologiczny odcinka bliskiego źródła był słaby, a kolejnych odcinków umiarkowany. O tej klasyfikacji zadecydował słaby lub umiarkowany stan bezkręgowców bentosowych, podczas gdy stan pozostałych biologicznych elementów oceny z reguły był lepszy. Stan ichtiofauny w pobliżu ujścia do Wisły był bardzo dobry, ale w odcinku źródłowym umiarkowany. W dolnym biegu stwierdzono przekroczenia norm stanu dobrego dla substancji biogennych – azotu i fosforu. Spośród substancji priorytetowych badanych w 2016 r. stwierdzono przekroczenia – głównie substancji podlegających akumulacji w tkankach zwierząt wodnych: PBDE, rtęci i haptachloru.
Jednostki administracyjne w zlewni rzeki Mień Lipno, powiat lipnowski, województwo kujawsko-pomorskie Bobrowniki, powiat lipnowski, województwo kujawsko-pomorskie Chrostkowo, powiat lipnowski, województwo kujawsko-pomorskie Kikół, powiat lipnowski, województwo kujawsko-pomorskie Lipno (gmina wiejska), powiat lipnowski, województwo kujawsko-pomorskie Skępe, powiat lipnowski, województwo kujawsko-pomorskie Skępe (gmina wiejska), powiat lipnowski, województwo kujawsko-pomorskie Wielgie, powiat lipnowski, województwo kujawsko-pomorskie Rogowo, powiat rypiński, województwo kujawsko-pomorskie Czernikowo, powiat toruński, województwo