miejsce, i w sezonie 1998/99 ponownie zagrała w klasie okręgowej. Po dwóch kolejnych awansach, w sierpniu 2000 roku Kania Gostyń rozpoczęła sezon 2000/01 w IV lidze. Ten sezon był udany dla zawodników Jerzego Radojewskiego. Kania dotarła do finału Pucharu Polski na szczeblu OZPN Leszno. W 2002/03 sezonie Kania Gostyń zakończyła na czwartym miejscu w IV lidze. W tym samym sezonie doszła do finału Pucharu Polski OZPN Leszno, gdzie przegrała 1:2 z trzecioligową Obrą Kościan.
Po nieudanym sezonie 2003/04 trenerem drużyny „Łagrom Kani” Gostyń został Jurij Szatałow, zastępując Jerzego Radojewskiego. Zmiana ta była wynikiem porażki w finale Mistrzostw Powiatu Gostyńskiego z Koroną Piaski 0:1. Nowy trener zadebiutował trzy dni później w meczu ligowym z Olimpią Koło (4:0). Drużyna Jurija Szatałowa dominowała w rozgrywkach, kończąc sezon z dziesięciopunktową przewagą nad drugą w tabeli, Jarotą Jarocin. Pomimo problemów organizacyjno-finansowych, piłkarze „Kani” radzili sobie bardzo dobrze. W 2005 roku Kania zdobyła Puchar Polski OZPN Leszno, pokonując w finale Obrę Kościan 3:1. Zespół wygrał grupę południową IV ligi i czekał na baraże z Nielbą Wągrowiec o awans do trzeciej ligi. Kania wygrała pierwszy mecz 2:0, ale rewanż przyniósł dogrywkę, w której o awansie decydowały rzuty karne.