Jesienią 1937 roku Husserl zachorował na zapalenie opłucnej. Filozof zmarł we Fryburgu Bryzgowijskim 27 kwietnia 1938 roku, w wieku 79 lat. Przeżyła go żona Malvine. Eugen Fink, jego asystent badawczy, wygłosił mowę pochwalną. Jedynym wykładowcą z Fryburga, który wziął udział w pogrzebie w ramach protestu antynazistowskiego był Gerhard Ritter.
Heidegger i epoka nazistowska Husserlowi odmówiono korzystania z biblioteki we Fryburgu Bryzgowijskim w wyniku antyżydowskiego ustawodawstwa z kwietnia 1933 r. Husserl nie mógł również publikować swoich prac w nazistowskich Niemczech. Krążyły również pogłoski, że jego były uczeń Martin Heidegger poinformował Husserla, że ten został zwolniony, ale w rzeczywistości był to poprzedni rektor. Husserl i Heidegger rozstali się w latach dwudziestych, co stało się bardziej widoczne po 1928 r., kiedy Husserl przeszedł na emeryturę, a Heidegger objął katedrę uniwersytecką. Latem 1929 roku Husserl przestudiował starannie dobrane pisma Heideggera, dochodząc do wniosku, że w kilku kluczowych stanowiskach różniły się one: np. Heidegger zastąpił czyste ego terminem dasein, przekształcając w ten sposób fenomenologię w antropologię. Takie obserwacje Heideggera, wraz z krytyką Maxa Schelera, znalazły się w wykładzie Husserla wygłoszonym w 1931 roku w różnych towarzystwach kantowskich we Frankfurcie, Berlinie i Halle w 1931. Wykład nosił tytuł Fenomenologia i antropologia.