Działalność organizacyjna i ekspercka Prof. Stanisław Kozielski ma bardzo bogaty dorobek organizacyjny. Przez dwie kadencje (1996–2002) był dziekanem Wydziału Automatyki, Elektroniki i Informatyki. W tym czasie w ramach studiów prowadzonych na tym Wydziale utworzono tzw. Makrokierunek, na którym studia są prowadzone w języku angielskim. Wcześniej (1990–1996) przez dwie kadencje był prodziekanem tego Wydziału. Prof. dr hab. inż. Stanisław Kozielski był wieloletnim dyrektorem Instytutu Informatyki (2000–2017) i Kierownikiem Zakładu Teorii Informatyki (1988–2017, obecnie Katedra Informatyki Stosowanej). W tym czasie kierunek Informatyka, prowadzony przez Instytut Informatyki, osiągał wysokie pozycje w rankingach ogólnokrajowych.
Patronował i brał czynny udział we wszystkich edycjach międzynarodowych konferencji: Beyond Databases, Architectures and Structures (BDAS) oraz Man-Machine Interactions (ICMMI). Aktywnie uczestniczy w życiu polskiego środowiska naukowego: przez wiele kadencji był (i jest) członkiem Komitetu Informatyki Polskiej Akademii Nauk, był zastępcą przewodniczącego tego Komitetu, jest od kilku lat zastępcą przewodniczącego Rady Naukowej Instytutu Informatyki Teoretycznej i Stosowanej PAN, był członkiem Rady Naukowej Instytutu Technik Innowacyjnych EMAG.