Pierwsze cztery rajdy Mistrzostw Świata 2006 nie były dla Hirvonena udane, gdyż zdobył w nich jedynie 2 punkty za zajęcie 7. miejsca w styczniowym Rajdzie Monte Carlo. Sytuacja zmieniła się po Rajdzie Korsyki, w którym Hirvonen był czwarty. W Rajdzie Sardynii zajął 2. pozycję za Sébastienem Loebem, a w Rajdzie Grecji – 3. Od sierpniowego Rajdu Finlandii do listopadowego Rajdu Nowej Zelandii sześciokrotnie z rzędu stawał na podium. W Rajdzie Finlandii, Rajdzie Japonii i Rajdzie Cypru był trzeci, a w Rajdzie Turcji i Rajdzie Nowej Zelandii – drugi. Największy sukces w sezonie odniósł jednak w Rajdzie Australii, który wygrał plasując się przed Norwegiem Petterem Solbergiem oraz Austriakiem Manfredem Stohlem. W klasyfikacji generalnej Mistrzostw Świata zajął 3. pozycję za Grönholmem i Loebem. Wraz z tym pierwszym przyczynił się do wywalczenia przez zespół Forda tytułu fabrycznego mistrza świata.