W czasach panowanie króla Zygmunta III Wazy, podczas V wojny polsko-szwedzkiej toczącej się w latach 1626-1629 o ujście Wisły, której działania zbrojne rozgrywały się na terenie Prus Królewskich, Warszkowski Młyn poniósł znaczne straty. Świadczą o tym lustracje królewszczyzn dokonane w latach 1627 i 1628: Młynarz od mielenia daje żyta łaszt 1 i florenów 10. (...) Młyn temi czasy spustoszał, żelaza z niego wybrane.
Okolica ucierpiała również z powodu rekwizycji żywności dokonywanych przez nienależycie opłacane wojska. Ludności szczególnie we znaki dała się chorągiew rotmistrza Jana Bąk-Lanckorońskiego herbu Zadora.
Za rządów Jana Kazimierza, niedługo po potopie szwedzkim, w roku 1664 w starostwie puckim przeprowadzono lustrację, która informuje, że: Młyn Warzkowski leżący ćwierć mili od Piaśnicy, od dwu kół młyńskich płacił 150 florenów czynszu.