Podczas studiów przejął się ideami Oświecenia i rewolucji francuskiej, dzieląc te fascynacje z dużą grupą studentów niemieckich, którzy kontestowali w ten sposób konserwatywny porządek polityczny i duchowy ówczesnych Niemiec. Przetłumaczył Marsyliankę, za co groziło mu relegowanie z uczelni. Wraz z Heglem i Hölderlinem, z którymi mieszkał w jednym pokoju, zainteresował się filozofią krytyczną Kanta. To obcowanie z dwoma geniuszami niemieckiego romantyzmu uformowało podstawy myśli Schellinga, który jeszcze na studiach zaczął pisać pierwsze rozprawy filozoficzne. Widać w nich wyraźny wpływ twórczości Fichtego (Über die Möglichkeit einer Form der Philosophie überhaupt, 1794; Vom Ich als Prinzip der Philospohie oder über das Unbedingte in menschlichen Wissen, 1795). Jednocześnie zgłębiał myśl Spinozy.
Po ukończeniu studiów został nauczycielem domowym u barona von Riedesela. Po krótkim pobycie w Stuttgarcie zamieszkał w Lipsku, gdzie studiował matematykę, medycynę i nauki przyrodnicze, co znalazło odbicie w jego filozofii przyrody (nieobecnej u Fichtego). Napisał w tym czasie wiele książek i artykułów filozoficznych (szczególnie dla Journalu Fichtego i Niethammera), które szybko przyniosły mu uznanie – np.