Według Przybosia Komorowski „zmuszał sołtysów do płacenia hiberny na równi z gromadami, pozbawiał ich prawa sądowniczego, odbierał młyny, karczmy i lasy, prześladował organizatorów i przywódców oporu, zmuszał chłopów do korzystania ze starościńskiej karczmy i młynów, wymagał robót browarnych i innych, nie przewidzianych w dekretach, nawet w dnie świąteczne, bił opornych, zwiększał ciężary feudalne, siłą osiedlał pasterzy wołoskich, by pociągać ich do świadczeń, odbierał chłopom lepsze pola. Nie wahał się więzić, a nawet torturować chłopów”.
Powstanie Niepokoje na Podhalu zaczęły się już w 1625 r. – rok po objęciu starostwa nowotarskiego (byłej królewszczyzny) przez Komorowskiego; w 1630 r. przerodziły się w otwarty konflikt zbrojny i trwały do 1633 r. W 1631 miała miejsce największa bitwa tego powstania, pierwsza bitwa pod Nowym Targiem. Przywódcą powstania był Stanisław Łętowski.