BMD-3 został przyjęty do uzbrojenia w 1990 roku. Planowano, że stanie się podstawowym bojowym wozem piechoty wojsk powietrznodesantowych i piechoty morskiej, ale z powodów finansowych dostarczono tylko około 100 sztuk BMD-3. Do zakończenia produkcji w 1997 roku wyprodukowano ich 137. Uznano, że koncepcja pojazdu jest chybiona, gdyż pomimo rozmiarów dochodzących do klasycznego bojowego wozu piechoty i znacznego skomplikowania, ma on zbyt małe możliwości transportowe. Na początku XXI wieku wozy te wycofano do składnic sprzętu, lecz sięgnięto po nie w obliczu dużych ponoszonych strat podczas inwazji na Ukrainę. Ich użycie przez szkolone pododdziały potwierdzono w październiku 2023 roku.
Jedyną produkowaną wersją rozwojową był pojazd rozpoznania skażeń RChM-5, przyjęty na uzbrojenie w 2012 roku, lecz powstało tylko 6 sztuk. Wersja wozu dowodzenia BMD-3K została przyjęta na uzbrojenie w 1996 roku, ale nie była produkowana.
Opis BMD-3 jest pływającym opancerzonym, gąsienicowym wozem bojowym, przystosowanym do transportu drogą lotniczą i desantowania przez zrzut.
Załogę BMD-3 tworzy dowódca, kierowca, działonowy i siedmiu żołnierzy desantu.