Tytuł naukowy profesora nadzwyczajnego uzyskał uchwałą Senatu Akademickiego KUL z dnia 26 czerwca 1985 roku, zaś tytuł profesora zwyczajnego dnia 9 marca 1991 roku.
W latach 1990–1993 ks. prof. S. Kowalczyk pełnił funkcję dziekana Wydziału Nauk Społecznych KUL. Jako dziekan pracował w Senackich Komisjach KUL: do Spraw Nauki, do Spraw Kontaktów Zagranicznych oraz Komisji Kontrolnej. Działalność naukowa, dydaktyczna i organizacyjna Kowalczyka wykracza poza Katolicki Uniwersytet Lubelski. W latach 1992–1995 był rektorem Wyższego Seminarium Duchownego w Sandomierzu. Należy także podkreślić pracę Kowalczyka w Komisji Episkopatu Polski do Spraw Dialogu z Niewierzącymi (1984–1994) oraz Komisji do Spraw Kultury (1994–1996). Zapraszany przez Episkopat aktywnie uczestniczył w spotkaniach i sympozjach naukowych organizowanych przez te Komisje.