Zainteresowania naukowe Przedmiot zainteresowań ks. Kowalczyka obejmuje wiele dyscyplin filozoficznych: metafizykę, filozofię Boga, filozofię religii, antropologię, filozofię społeczną oraz filozofię kultury. W jego refleksji naukowo-badawczej można wyróżnić następujące obszary: metafizyczno-teodycealny, religiologiczny, antropologiczno-społeczny i aksjologiczny, zawierający także problematykę filozofii kulturyE. Balawajder. Ks. profesor Stanisław Kowalczyk: człowiek – uczony – nauczyciel. W: Ku prawdzie i we wspólnocie człowieka i Boga. Studia dedykowane Księdzu Stanisławowi Kowalczykowi. Red. E. Balawajder i in. Lublin 1997 s. 9–23.. Do wszystkich tych dziedzin podchodzi badając prawdę o osobie, stąd zalicza się go do personalistów chrześcijańskich, jego styl określa się czasami jako personalizm realistyczno-dynamiczny. Analizując twórczość Stanisława Kowalczyka odnośnie do filozofii społecznej zauważa się, iż postępuje on z duchem czasu. Do lat 90. XX wieku przedmiotem jego zainteresowań była ideologia kolektywistyczno-marksistowska, na której temat napisał szereg artykułów. Po upadku komunizmu Kowalczyk koncentruje się na filozofii liberalno-indywidualistycznej. Współcześnie zaś uwidacznia się zainteresowanie Kowalczyka ideologią postmodernizmu, który kryje w sobie wiele wątków powiązanych z liberalizmemMirosław Róg.