Niestabilność hiperforyny wynika z obecności układu β-dikarbonylowego, gdyż analogiczne związki, w którym go nie ma, są trwałe. W ekstraktach z części dziurawca wystawionych na działanie powietrza zidentyfikowano kilka produktów utlenienia, w których jeden z atomów tlenu i łańcuchów bocznych zostały połączone w układ furanu, zawierający dodatkową grupę hydroksylową. Komercyjne alkoholowe ekstrakty z dziurawca zawierają 1–5% hiperforyny, przekształconej w sól dicykloheksyloamoniową, co zapewnia trwałość w temperaturze pokojowej i odporność na obecność powietrza.
Synteza chemiczna hiperforyny była dużym wyzwaniem ze względu na obecność czterech sąsiadujących grup karbonylowych/enolowych oraz bocznych łańcuchów terpenoidowych gęsto rozmieszczonych na szkielecie bicyklo[3.3.1]nonanu. Szczególną trudnością syntetyczną jest obecność centrum stereogenicznego w pozycji C8 (inne PPAP mają w tej pozycji zazwyczaj dwie grupy metylowe, dzięki czemu atom C8 jest achiralny). W 2010 r. naukowcy z Uniwersytetu Tokijskiego opisali syntezę ent-hiperforyny (czyli enancjomeru związku naturalnego), co wymagało przeprowadzenia 51 etapów. Natomiast synteza totalna właściwej hiperforyny została opublikowana w 2012 r. przez chemików z amerykańskiego Uniwersytetu Harvarda.