Kiedy w 1960 r. zmarł prezydent NRD Wilhelm Pieck, zniesiono urząd prezydenta i powołano w jego miejsce Radę Państwa, na której czele stanął Ulbricht. Został w ten sposób formalnie głową państwa. W 1961 r. nakazał wzniesienie muru, który przedzielił Berlin. Miał on uniemożliwić mieszkańcom NRD ucieczki na ZachódFrederick Kempe: Berlin 1961, Penguin Group (USA) 2011, s. 345, .. Na VI Kongresie partii w 1963 r. przedstawił nowy plan reform gospodarczych, które miały zapewnić dynamikę rozwojowi gospodarczemu kraju. Nowa polityka złamała podwaliny starego systemu stalinowskiego, a nawet wprowadziła pewne elementy kapitalizmuWolfgang Benz, Hermman Graml: iglo XX. II. Europa después de la Segunda Guerra Mundial 1945-1982, 1986, s. 427.. Był otwartym przeciwnikiem reform liberalizacyjnych kierownictwa Komunistycznej Partii Czechosłowacji z Aleksandrem Dubčekiem i rządu Czechosłowacji w okresie Praskiej Wiosny. W konsekwencji NRD uczestniczyła w interwencji wojsk Układu Warszawskiego w tym krajuWolfgang Benz, Hermman Graml: Siglo XX. II. Europa después de la Segunda Guerra Mundial 1945-1982, 1986, s. 427..