Od lipca 1919 jako dowódca 3 kompanii w 29 pułku strzelców kaniowskich. Od grudnia 1919 jako dowódca batalionu na froncie litewsko-białoruskim.
Poległ 15 sierpnia 1920 w Zamostkach Wólczyńskich pod Radzyminem, w czasie Bitwy Warszawskiej, prowadząc do ataku I batalion 28 pułku Strzelców Kaniowskich. Wg innej wersji zginął pod Wólką Radzymińską.
Rodziny nie założył. Był autorem wierszy lirycznych.
Pośmiertnie odznaczony został Krzyżem Srebrnym Orderu Wojennego Virtuti Militari oraz awansowany na kapitana. Pochowany na Starym Cmentarzu w Łodzi, w grobowcu z sylwetką rycerza w zbroi husarskiej, wykonanym przez Wacława Konopkę, a ufundowanym przez łódzkie społeczeństwo.
Komitet budowy pomnika kapitana Stefana Pogonowskiego otrzymał opinię generała Lucjana Żeligowskiego o znaczeniu nocnego ataku pod Radzyminem w nocy z 14 na 15 sierpnia 1920 przez batalion ciężkich karabinów maszynowych pod dowództwem Pogonowskiego: