Za niezbyt optymalne uznano także rozmieszczenie desantu.
Pomimo uwag krytycznych BMP-3 był produkowany i kolejne pojazdy kierowano do jednostek. Z czasem zmniejszyła się awaryjność pojazdu, ale rozmieszczenia żołnierzy desantu w wozie nie można było poprawić. Między 1988 a 1992 rokiem w BMP-3 całkowicie przezbrojono jako pierwszy jeden z pułków Syberyjskiego Okręgu Wojskowego. W lutym 2010 roku na uzbrojeniu wojsk Federacji Rosyjskiej pozostawały 464 BMP-3. Stanowią one uzbrojenie: 5 Samodzielnej Brygady Zmotoryzowanej, 9 Samodzielnej Brygady Zmotoryzowanej, 74 Samodzielnej Brygady Zmotoryzowanej oraz 20 Samodzielnej Brygady Zmotoryzowanej.
BMP-3 odniósł spory sukces eksportowy. W 1989 roku Zjednoczone Emiraty Arabskie i Kuwejt zamówiły odpowiednio 650 i 150 egzemplarzy BMP-3. Wozy eksportowane do krajów arabskich posiadają termowizor Mamut-Athos (taki sam jak czołgi Leclerc) umieszczony w osłonie z tyłu wieży. Później 43 wozy sprzedano cypryjskim Grekom, a 40 przekazano Korei Południowej w zamian za anulowanie części długów. Po rozpadzie ZSRR część BMP-3 znalazła się na uzbrojeniu armii Ukrainy, Azerbejdżanu i Kazachstanu.