W 1934 władze prowincji wysłały o. Ambrożego na studia doktoranckie na Katolicki Uniwersytet w Lowanium. Studia zwieńczył obroną pracy doktorskiej Auctoritas Theologorum in argumento dogmatico secundum Melchiorem Canum w 1938 roku. Po powrocie do Polski został lektorem teologii w seminarium zakonnym we Wronkach. Lata okupacji niemieckiej spędził we Wronkach, następnie na robotach w Niemczech. W 1943 roku trafił do klasztoru we Wrocławiu Karłowicach, gdzie przebywali klerycy z jego macierzystej prowincji zakonnej. Ucząc kleryków, przetłumaczył Traktat o czyśćcu św. Katarzyny z Genui.
Po wojnie w latach 1946–1957 o. Ambroży pełnił urząd komisarza dla utworzonego przez generała franciszkanów Pacifico Perantoniego we Wrocławiu Komisariatu św. Jadwigi. W roku 1953 prymas Stefan Wyszyński nakazał o. Lubikowi używać oficjalnie tytułu prowincjała. W 1957 kard. Wyszyński, na mocy nadzwyczajnych uprawnień udzielonych mu przez Stolicę Apostolską, przeniósł o. Lubika z górnośląskiej Prowincji Wniebowzięcia NMP Zakonu Braci Mniejszych do Komisariatu św. Jadwigi. Jako przełożony komisariatu reaktywował niższe i wyższe seminaria, pełniąc w latach 1946–1950 funkcję prefekta studiów. Gdy w roku 1954 władze przejęły klasztor w Karłowicach, siedziba prowincjała i seminarium zostały przeniesione do klasztoru w Kłodzku. W 1954 roku o.