Kolejnym organem zajmującym się kolejnictwem wojskowym w strukturach MSWojsk. był Centralny Zarząd Kolei Wojskowych pod dowództwem ppłk Franciszka Fabry. Zastępcą szefa zarządu był ppłk Mieczysław Niebieszczański, któremu podporządkowane były dowództwa kolei regionalnych. Dowódcą Wojskowych Kolei Litewskich płk Stanisław Słupecki (do 27 maja 1919), a dowódcą Wojsk Kolei Białoruskich płk Józef Lipiński. Z dniem 15 maja 1920 Zarząd rozwiązano. Jeszcze w lutym 1920 Inspektorat Wojsk Kolejowych przeszedł w podporządkowanie Naczelnego Dowództwa WP i został podporządkowany Generalnemu Inspektorowi Wojsk Technicznych gen. Władysławowi Wejtko, zaś w MSWojsk. za kolejnictwo odpowiadał Oddział VI Zaopatrzenia i Transportu Sztabu kierowany przez gen. Juliusza Malczewskiego, a w zasadzie Sekcja Wojsk Kolejowych gen. Wiktora Gawrońskiego, wchodząca w skład Departamentu II Wojsk Technicznych gen. Emila Gołogórskiego.