Jego twórczość i metoda badawcza stała się na początku lat 60. przedmiotem gwałtownej polemiki, tzw. kontrowersji rzymskiej. Pomiędzy Papieskim Uniwersytetem Laterańskim i Papieskiem Instytutem Biblijnym już od lat 50. toczył się spór, co do zasadności stosowania w badaniach nad tekstem biblijnym metod właściwych dla krytyki literackiej. W 1960 o. Francesco Spadafora skrytykował zaproponowaną przez o. Lyonnet egzegezę Rz 5,12 odnosząca się do grzechu pierworodnego, w 1961 kardynał Ernesto Ruffini skrytykował ostro na łamach Osservatore Romano metodę krytyki literackiej widoczną w pracach o. Lyonnet i o. Maxa Zerwicka. Obu wykładowcom postawiono też zarzut "protestanckiej liberalnej egzegezy". 23 czerwca 1961 Kongregacja Świętego Oficjum wezwała ich, aby unikali takich stwierdzeń i opinii, które mogą zagrażać nauce o obiektywnej prawdzie historycznej Nowego Testamentu, po czym dekretem tej samej kongregacji z 10 września 1961 zostali pozbawieni prawa nauczania (o. Lyonnet zachował jednak stanowisko dziekana). W lutym 1964 zakaz ten uchylił jednak papież Paweł VI. O. Lyonnet wniósł następnie swój wkład w prace nad konstytucją soboru watykańskiego II Dei Verbum, a publikacja tego dokumentu zakończyła ostatecznie polemiki dotyczące jego osobyMaurice Gibert The Centenary of the Biblical InstitutePaul J.