Artysta współpracował również z Peterem Gabrielem, czego efektem był między innymi album Passion z 1989, zawierający kompozycje stworzone do filmu Martina Scorsese Ostatnie kuszenie Chrystusa, obecność na płycie Passion – Sources oraz albumy wydawane przez wytwórnię Petera Gabriela Real World, m.in. Shahen-Shah, The Last Prophet i inne. W 1995 nawiązał współpracę z Eddie Vedderem i Davidem Robbinsem przy tworzeniu ścieżki dźwiękowej do filmu Przed egzekucją. Jedno z jego nagrań wykorzystał Trent Reznor, kompilując ścieżkę muzyczną do Urodzonych morderców.
Początkom jego kariery poświęcono pakistański film dokumentalny z 1997 pt. Nusrat Has Left the Building... But When?
Występował w zespole m.in. z bratem Farrukh Fateh Ali Khanem, który był wokalistą grającym na harmonium. Po śmierci Nusrata w 1997 liderem zespołu został Farrukh, a obecnie bratanek, Rahat Fateh Ali Khan, który od dzieciństwa był przygotowywany do roli qawwala (wykonawcy qawwali). Zgodnie z tradycją, nauki przekazuje się najstarszemu synowi, jednakże Nusrat nie miał synów.