W 1809 Stanisław Szantyr założył szkółkę parafialną.
W 1839 synod w Połocku, którego decyzje potwierdził następnie car, oficjalnie zlikwidował Kościół unicki na ziemiach dawnej Rzeczypospolitej i włączył jego struktury do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. W 1857 wybudowano pierwszą drewnianą synagogę. W 1865 roku władze rosyjskie zamknęły kościół i zamieniły na cerkiew. W 1900 została zbudowana cerkiew prawosławna. Po I wojnie światowej miejscowość straciła prawa miejskie. W czasie wojny polsko-bolszewickiej (1920), Milejczyce liczyły nieco ponad 1200 mieszkańców.
20 sierpnia 1920 roku pod Milejczycami 16 pułk ułanów mjr. Ludwika Kmicic-Skrzyńskiego z 4 Brygady Jazdy zniszczył uderzeniową grupę artylerii ciężkiej Armii Czerwonej. Ułani zdobyli wszystkie działa (24 armaty i 13 haubic). Według danych sowieckich straty ich grupy wyniosły 49 dowódców i 1613 żołnierzy oraz 1441 koni (przed walką grupa liczyła 3155 żołnierzy i 1729 koni)Bobrowicki T., "Bój 4 Brygady Kawalerii pod Milejczycami i Czeremchą", [w:] Polska Zbrojna nr 227 z 20 VIII 1930 r.Czempiński J., "W Ziemi bielskiej", Kurier Warszawski nr 248 z 7 IX 1920 r..
W okresie międzywojennym miejscowość była letniskiem ludności żydowskiej z 2085 mieszkańcami (ponad 40% stanowili Żydzi).