Pierwszy mecz piłki nożnej klub rozegrał w listopadzie 1953 roku z APOELem, a 13 kwietnia 1954 roku złożył wniosek o dołączenie do Cypryjskiego Związku Piłki Nożnej (KOP). 24 września 1954 wniosek został przyjęty i w sezonie 1954/55 zespół startował w B’ Kategoria (kategorii B), która została podzielona na dwie grupy. Debiutowy sezon zakończył na ostatnim trzecim miejscu w grupie Nikozja-Kirenia.
Po powstaniu PAEK reaktywowano inny miejski klub ASK, w wyniku czego mieszkańcy Kirenii zostali rozdzieleni w piłce nożnej i polityce. Dwie drużyny unikały rywalizacji ze sobą przez pierwsze dwa lata. Jednak 16 lutego 1956 roku odbył się pierwszy i ostatni mecz obu drużyn. Była umowa, że przegrana drużyna się rozpadnie, i zostanie jeden klub w mieście. Siedem minut przed końcem mecz został zatrzymany - PAEK wygrał 4-1, a ASK został rozwiązany.
Zaostrzenie konfliktu grecko-tureckiego spowodowało, że sezon piłkarski 1958/59 został odwołany. 16 sierpnia 1960 roku Cypr odzyskał niepodległość, ale już w grudniu 1963 kryzys odrodził się. Sezon 1963/64 został zawieszony. W ciągu kolejnych trzech lat nad pokojem na północy Cypru panowała ONZ. Dopiero w sezonie 1966/67 klub ponownie dołączył do rozgrywek B’ Kategoria.