W tamtym czasie z powodu niechęci Stockport County Ladies do przyłączania się do męskiego klubu o tym samym imieniu do Manchesteru przeniósł się były trener Stockport Derek Heath, który sprowadził wielu nowych graczy – wielu bezpośrednio ze Stockport. Po reorganizacji przez cały sezon 1997/98 zespół był niepokonany w lidze Division Two, aby zdobyć swój pierwszy tytuł mistrzowski i awansować do Division One (D5). W następnym sezonie 1998/99 wywalczył awans do Premier Division (D4). Dopiero w sezonie 1999/2000 po zdobyciu kolejnego mistrzostwa zwyciężył w barażach z Barnsley Ladies i awansował do Northern Combination Women’s Football League (D3).
W sezonie 2000/01 zespół startował w trzeciej lidze, wygrywając rozgrywki i awansując do zaplecza FA Women’s Premier League Northern Division. Dopiero w sezonie 2008/09 klub wspiął się na podium FA Women’s Premier League Northern Division, zajmując trzecie miejsce. W 2011 roku, wraz z powstaniem FA Women’s Super League, poziom FA Women’s Premier League Northern Division spadł do trzeciego stopnia. W sezonie 2011/12 zespół zwyciężył w Northern Division, awansując do FA Women’s Premier League National Division (D2). W następnym sezonie 2012/13 zajął czwarte miejsce w lidze, zdobywając awans do elity angielskiej piłki nożnej. 24 stycznia 2014 klub zmienił nazwę na Manchester City W.F.C.