Podczas II wojny światowej brama została poważnie uszkodzona, gdy w 1943 uderzyła w nią ciężarówka RAF. W 1944 zrujnowana brama została zburzona, a kamienie ponumerowano i złożono w magazynach Wydziału Robót Publicznych. Na miejscu łuku wybudowano później rondo. Plany rekonstrukcji łuku były przygotowywane kilka razy, zanim zostały ostatecznie zatwierdzone w 2012. Lokalne rady Santa Venera i Birkirkary oraz Komitet Administracyjny Fleur-de-Lys nie mogły zgodzić się co do nazwy łuku, ostatecznie w 2014 przyjęły zatwierdzoną przez wszystkie strony nazwę „Łuk Wignacourta znany jako brama Fleur-de-Lys” (). Łuk został odbudowany w latach 2014–2015, a jego inauguracja odbyła się 28 kwietnia 2016.
Rozwój przedmieścia thumb|left|Teren rekreacyjny Fleur-de-Lys Po wybudowaniu akweduktu w okolicy osiedliło się wielu rolników. Przez lata jedynymi budynkami były nieliczne zagrody otoczone polami.
Fleur-de-Lys zaczęła się rozwijać w czasie II wojny światowej. Wielu uchodźców z obszaru Grand Harbour uciekło na obszary wiejskie, w tym Fleur-de-Lys, po tym, jak teren portu został zniszczony przez bomby. Do 1941 Brytyjczycy zbudowali w rejonie baterię Fleur de Lys, uzbrojoną w artylerię przeciwlotniczą. W latach czterdziestych do Fleur-de-Lys przeniesiono różne urzędy państwowe.