W planie gospodarowania wodami na obszarze dorzecza Wisły z 2011 została uznana za naturalną jednolitą część wód powierzchniowych przejściowych typu TWII (zalewowy z substratem piaszczystym i mulistym) o nazwie Zalew Pucki i międzynarodowym kodzie PLTWIIWB2Plan gospodarowania wodami na obszarze dorzecza Wisły (. Ma ona powierzchnię 111,13 km². W regionalizacji Komisji Ochrony Środowiska Morskiego Bałtyku (Helcom) jest częścią Basenu Gdańskiego, a Międzynarodowej Rady Badań Morza (ICES) akwenu 3.d.26 w ekoregionie Bałtyku.
Geografia fizyczna Wewnętrzna część Zatoki Puckiej od strony lądu zamknięta jest różnymi typami wybrzeża: od strony Mierzei Helskiej jest to wybrzeże wydmowe (mierzejowe), od zachodu zaś są to wybrzeża klifowe, z zachowanym żywym klifem, oraz specyficzne dla tego akwenu niskie wybrzeże bagienne.
W obrębie Wewnętrznej Zatoki Puckiej występują głębie: Jama Kuźnicka (9,40 m), Jama Chałupska (4,0 m) i Jama Rzucewska (5,7 m). Ponadto znajdowało się w niej pięć jam porefulacyjnych o głębokości 7–14 m o nazwach Władysławowo, Chałupy, Kuźnica I i II oraz Jastarnia. Największe jest wyrobisko Kuźnica I o długości 1100 m, szerokości 100–250 m i maksymalnej głębokości ok. 13 m, najmniejsze, Władysławowo, zasypano w 2012.