Do Zalewu wpływają wody rzeczne niesione przez kilka cieków. Największy dopływ (0,187 km³/r) następuje z Redy. Dwukrotnie mniejszy jest dopływ z Gizdepki. Dopływ z Płutnicy to 0,012 km³/r. Łączny dopływ wód rzecznych to średnio 0,22 km³/r, podczas gdy dopływ wód morskich to 0,67 km³/r. Wymiana wód między wewnętrzną a zewnętrzną częścią Zatoki Puckiej jest ograniczona. Przy wysokim stanie wody możliwa jest wzdłuż całej granicy, natomiast przy niskim tylko przez Głębinkę i Przejście Kuźnickie. Wlew wód z zewnętrznej zatoki jest łatwiejszy przez Głębinkę i zwiększa się jesienią i zimą. Wiatr o umiarkowanej prędkości przesuwa wodę zgodnie z własnym kierunkiem, natomiast podczas silnych wiatrów woda przepływa w przeciwnym kierunku, czyli podczas silnych wiatrów wschodnich z zatoki wewnętrznej do zewnętrznej, a podczas silnych zachodnich z zewnętrznej do wewnętrznej. Czas retencji wynosi 138 dni.
Około 75% dna akwenu jest piaszczyste. W części wschodniej i w zagłębianiach znajdują się osady muliste, a przy ujściu Płutnicy i Redy – torfiaste, przykryte piaskiem.