Za dnia postacie przebywają w Belfry, służącym za bazę Rycerzy Gotham, pozwalającą przełączać się pomiędzy bohaterami i przygotowywać do misji. Po opuszczeniu kryjówki następuje zmiana pory dnia na nocną.

Fabuła Fabuła rozgrywa się po śmierci Bruce’a Wayne’a (Michael Antonakos) i komisarza Gordona, co doprowadziło do zwiększenia liczby przestępstw i bezprawia w Gotham. Gracze wcielać mają się w byłych towarzyszy Mrocznego Rycerza – Dicka „Nightwinga” Graysona (Christopher Sean), Barbarę „Batgirl” Gordon (America Young), Tima „Robina” Drake’a (Sloane Morgan Siegel) i Jasona „Red Hooda” Todda (Stephen Oyoung) – którzy po jego śmierci poszli w swoją stronę, ale zmuszeni są ponownie się sprzymierzyć, żeby Gotham nie popadło w całkowity chaos. Impulsem do ponownego zjednoczenia się jest wiadomość, jaką Batman nagrał dla nich przed śmiercią. W pewnym momencie bohaterowie wejdą w konflikt z Trybunałem Sów – tajnym stowarzyszeniem przestępczym pamiętającym początki Gotham – oraz ich zmanipulowanymi zabójcami, nazywanych szponami. Jednym z przeciwników ma być również Pan Freeze. Wśród sojuszników jest m.in.