Lata II wojny światowej przeżył w Krakowie w trudnych warunkach materialnych, brał udział w tajnym nauczaniu. Po wojnie powrócił do zajęć szkolnych i reaktywował Ognisko Krakowskie. W 1951 r. zrezygnował powtórnie z proponowanej mu pracy naukowej na Uniwersytecie Jagiellońskim. Przyjął natomiast pracę w Państwowych Zbiorach Sztuki na Wawelu, której efektem jest kilka pozycji bibliograficznych wydanych już po śmierci Autora.

Dr Franciszek Fuchs był również działaczem oraz Członkiem Zarządu Cracovii m.in. w latach 1914–1922.

Życie prywatne Był synem Aleksego i Marii z Krudowskich. W 1887 r. przeprowadził się wraz z rodzicami z Warszawy do Krakowa. W 1910 r. w parafii św. Szczepana poślubił Jadwigę Rogosz (3.01.1883 – 21.11.1910) – studentkę Uniwersytetu Jagiellońskiego, która w 1910 roku – gdy miał 29 lat – zmarła przy porodzie. Franciszek Fuchs nie ożenił się ponowniepor. A.Kijowski, Notatnik ze współczesności,/w:/Rachunek naszych słabości, Warszawa 1994, s.199,214.. Oboje spoczywają na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (Jadwiga - Kwatera: BC, Rząd: płn, Miejsce: po lewej Zasadzkiego;