Kruche zdrowie ojca Juana, jego niewielka skłonność do badań historycznych oraz grabież biblioteki Flóreza, do której doszło w czasie wojny niepodległościowej, sprawiły, że prace pod jego kierownictwem nie posuwały się do przodu i w 1816 został w tej funkcji zastąpiony. Zmarł w Madrycie między 1817 a 1819.
Ani okoliczności zamówienia tego portretu, ani dokładna data powstania nie są znane. Na podstawie wieku portretowanego, pozornie nie dość zaawansowanego, obraz jest datowany szeroko na lata 1795–1815. W 1800, kiedy portretowany przyjechał do Madrytu, aby zająć się prestiżową pracą nad Sagrada España, miał 49 lat. Jednak oszczędny w kolorach i środkach styl oraz technika malarska Goi sugerują późniejszy okres, lata 1815–1816, a nawet 1819, niedługo przed śmiercią duchownego. Zachowało się świadectwo siostrzenicy portretowanego, Carmen Arteagi Fernández de Reboto, która mówiła o bliskiej więzi łączącej jej wuja i malarza. Ich przyjaźń zacieśniła się w czasie licznych konsultacji artystycznych, których (według Carmen Arteagi) zasięgał Goya, mający świadomość ogromnej wiedzy brata Juana na temat sztuki. Satyra, uprawiana przez duchownego w literaturze, a przez malarza w sztuce, łączyła ich w sposobie myślenia. Obaj krytykowali m.in.