Nad prawidłowością prac Zgromadzenia i Magistratu czuwa, powoływana przez Zgromadzenie na 2 lata komisja rewizyjna. Obywatele mają prawo występować z inicjatywą ludowoustawodawczą. Z projektem aktu prawnego może wystąpić co najmniej 1% mieszkańców gminy (ale nie mniej niż 5 osób) posiadających prawa wyborcze. Każdy obywatel jest ponadto uprawniony do zażądania unieważnienia wdrożonego w życie aktu, jeżeli jego przepisy bezprawnie naruszają prawa obywatela.
Samorządy lokalne mogą część swoich kompetencji przekazać utworzonemu przez siebie Związkowi Jednostek Samorządowych. Związek taki może zawierać umowy z organami centralnymi, a także może być członkiem organizacji międzynarodowych. Samorządy lokalne nie mogą natomiast przekazywać kompetencji instytucjom rządowym. Nadzór finansowy nad samorządami sprawuje kontrola państwowa, natomiast nadzór prawny sprawowany jest przez Kanclerza Sprawiedliwości.
Na szczeblu powiatu przedstawicielem samorządów jest Zgromadzenie Powiatowe. Starosta powiatowy mianowany jest przez rząd po uprzedniej akceptacji Zgromadzenia.
Zgromadzenie Państwowe
thumb|256px|Budynek estońskiego parlamentu w Tallinnie Estoński parlament – Zgromadzenie Państwowe (Riigikogu) składa się ze 101 deputowanych, wybieranych w wyborach pięcioprzymiotnikowych: równych, wolnych, powszechnych, bezpośrednich i tajnych. Kadencja wynosi 4 lata. Mandaty rozdzielane są przy pomocy metody d’Hondta.