Na terenie późniejszej „wielkiej” Jugosławii został na przełomie lat 1941/42 wytworzony mit Wielkiej Chorwacji i Wielkiej Serbii. Wizjonerzy przyszłych niepodległych państw w tym czasie byli gotowi zjednoczyć się z każdym, aby uchronić kraj od komunizmu. W kraju powstał „galimatias partyzancki”. Oddziały różnych opcji politycznych współpracowały ze sobą, z Niemcami, z Włochami i wzajemnie ze sobą walczyły. To prowadziło także do eksodusu ludności cywilnej, którą Mihailović brał w obronę.
W 1942 roku, w stopniu generała, Mihailović został mianowany ministrem wojny w emigracyjnym rządzie jugosłowiańskim Slobodana Jovanovicia w Londynie i dowódcą Armii Jugosłowiańskiej w ojczyźnie. Prowadził działania zbrojne przeciwko chorwackim ustaszom oraz działania obronne wobec okupacyjnej armii niemieckiej. Walczył również z komunistyczną partyzantką Tity. W sierpniu 1941 roku zabronił akcji zaczepnych przeciwko okupantowi niemieckiemu, dla uniknięcia wysokich strat wśród serbskiej ludności cywilnej Jugosławii.