Po niemieckiej inwazji na Jugosławię Nedić nie został wzięty do niewoli, ale osadzony w areszcie domowym. W sierpniu 1941 Nedić przyjął propozycję zostania premierem marionetkowego państwa, znanego jako Serbia Nedicia. Tzw. Rząd Ocalenia Narodowego został powołany 29 sierpnia 1941 roku. 1 września 1941, w radiowym przemówieniu, Nedić uzasadnił swoją decyzję tym, że „musi ratować jądro serbskiej ludności” przed okupacją niemiecką, włoską, węgierską i bułgarską, a także kolaborantami chorwackimi, bośniackimi i albańskimi. W grudniu 1941 rząd serbski na uchodźstwie pozbawił Nedicia stopnia generalskiego. W czasie jego rządów, przyjęto sporo serbskich uchodźców z innych części Jugosławii, ale też dochodziło do zbrodni niemieckich na serbskich cywilach (patrz: masakra w Kragujevacu). W sierpniu 1942 Niemcy uznali Serbię za wolną od Żydów (niem. Judenfrei).
4 października 1944 rząd Nedicia został rozwiązany. Dwa dni później wyjechał do Wiednia, a stamtąd do Kitzbühel, wraz z kilkoma członkami swojego gabinetu. W Kitzbühel nadal organizował posiedzenia rządu serbskiego. 6 lipca 1945 został aresztowany przez oddział amerykańskiej 3 Armii, która zajmowała Kitzbühel. 1 stycznia 1946 został przekazany władzom komunistycznej Jugosławii.