W listopadzie 2005 uczestniczył w inauguracji programu menedżerskiego AMP Warsaw prowadzonego przez IESE Business School.
W listopadzie 2005 został mianowany sekretarzem stanu w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów w okresie rządu Kazimierza Marcinkiewicza, w tym samym miesiącu objął nadto stanowisko przewodniczącego Komitetu Stałego Rady Ministrów. Należał do najbliższych współpracowników premiera, był współautorem jego exposé. W lipcu 2006, w ostatnim dniu swojego urzędowania, premier Kazimierz Marcinkiewicz odwołał go z tych funkcji. Zasiadał w radzie nadzorczej Banku Gospodarstwa Krajowego. Wszedł do tego gremium na wniosek Teresy Lubińskiej pod koniec jej urzędowania na funkcji ministra finansów; został odwołany w trakcie wymiany składu rady na przełomie 2006/2007 z inicjatywy Zyty Gilowskiej, minister finansów w rządzie Jarosława Kaczyńskiego.
Po objęciu przez Kazimierza Marcinkiewicza stanowiska pełniącego funkcję prezydenta m.st. Warszawy Zbigniew Derdziuk został mianowany dyrektorem jego biura w Urzędzie m.st. Warszawy. W sierpniu 2006 Rada m.st. Warszawy wybrała go na stanowisko sekretarza miasta. Pełnił tę funkcję do grudnia tego samego roku. Później objął stanowisko wiceprezesa zarządu Banku Pocztowego.