W 2020 roku, z uwagi na epidemię wirusa SARS-CoV-2 i związane z nią obostrzenia, zmienił się charakter pracy Centrum Edukacyjnego. Uruchomiono program Przystanek Historia Online, dzięki któremu działalność edukacyjna została przeniesiona do przestrzeni internetowej. W sieci publikowano nagrania z premierowych dyskusji, promocji książek czy dyskusji rocznicowych. Zaproszeni goście mogli uczestniczyć w dyskusjach za pomocą komunikatora internetowego. Odbywające się spotkania były również transmitowane na żywo w mediach społecznościowych IPN. Również wszystkie warsztaty, lekcje, edycje zagranicznych Przystanków Historia, konferencje, wykłady dla Polonii i zagranicznych odbiorców odbywały się online.
Działalność Centrum prowadzi następujące typy działań: skierowane do nauczycieli: kursy i seminaria, cykle spotkań w formie klubu dyskusyjnego, konferencje informacyjne dla nauczycieli historii i wiedzy o społeczeństwie, skierowane do uczniów: zajęcia edukacyjne, warsztaty dla młodzieży, programy i staże dla studentów, imprezy otwarte dla wszystkich zainteresowanych historią najnowszą, przedsięwzięcia rocznicowe i konferencje popularnonaukowe,