Po roku eksploatacji, odcinek wyłączono z ruchu. Powodem było to, iż tor położony był bezpośrednio na nieutwardzonym gruncie, co powodowało wykolejenia pojazdów. Jesienią 1980 do Grudziądza zaczęły trafiać nowe wagony typu 805Na, dlatego od 1979 zaczęto m.in. przebudowę jednotorowych odcinków w centrum miasta na dwutorowe. W związku z wprowadzeniem do eksploatacji nowego taboru wybudowano pętlę przy ul. Południowej i na Tarpnie, trójkąt manewrowy na skrzyżowaniu ulic Dworcowej z Królewską oraz tory odstawcze za zajezdnią. Ostatnie modernizacje torowiska nastąpiły w 1993. Z nocy 8 na 9 grudnia 1988 roku, swój ostatni kurs zakończyły nocne linie tramwajowe 1N i 2N. Następnej nocy na trasę ruszyły autobusy po nieco zmienionych trasach.
Od 1990 Najtragiczniejszym zdarzeniem w ponad stuletniej historii grudziądzkich tramwajów był pożar zajezdni do którego doszło 5 września 1993, około godziny 5 nad ranem. Jego powodem najprawdopodobniej było zwarcie instalacji elektrycznej. W wyniku pożaru spaleniu uległo 11 wozów, czyli ponad ⅓ posiadanego taboru oraz wagon techniczny. Tramwaje na kilkanaście dni zniknęły z ulic miasta. Jeszcze w 1993 podjęto decyzję o odbudowie obiektu i zakupie nowego taboru. Pozwoliło to na zupełną odnowę infrastruktury zajezdni.